| 姓名 | 任期 | 備註 |
| 謝天渝 | 1999/08/01- 2003/07/31 | 口腔衛生科學研究所所長 |
| 黃純德 | 2001/08/01- 2002/07/31 | 口腔衛生學系籌備主任 |
| 黃純德 | 2002/08/01- 2003/07/31 | 第一任口腔衛生學系主任 |
| 黃純德 | 2003/08/01- 2006/07/31 | 第二任口腔衛生學系主任、口腔衛生科學研究所所長 |
| 黃純德 | 2006/08/01- 2009/07/31 | 第三任口腔衛生學系主任、口腔衛生科學研究所所長 |
| 陳弘森 | 2008/02/01- 2008/07/31 |
黃純德教授休假半年 由陳弘森副教授代理系主任 |
| 陳弘森 | 2009/08/01- 2012/07/31 | 第四任口腔衛生學系主任 |
| 吳逸民 | 2012/08/01- 2015/07/31 | 第五任口腔衛生學系主任 |
| 李澤民 | 2015/08/01-2015/10/07 | 代理糸主任 |
| 黃曉靈 | 2015/10/08~2021/07/31 | 第六任口腔衛生學系主任 |
| 何佩珊 | 2021/08/01~迄今 | 第七任口腔衛生學系主任 |